Recherche sur la Covid-19 : quel rôle du microbiote intestinal dans les formes graves ?

Dès la mi-mars 2020, grâce à la mobilisation immédiate de ses donateurs, la Fondation de l’AP-HP a débloqué 1,5 millions d’euros pour permettre le lancement en urgence de nombreux projets de recherche sur la Covid-19. Parmi eux, le projet COVI-Biome pose la question du rôle du microbiote intestinal dans le développement des formes graves de la Covid-19.

La gravité de la Covid-19 est liée à l’atteinte pulmonaire. Pourquoi donc s’intéresser à l’atteinte intestinale ?

75% de notre système immunitaire se situe dans notre intestin. Son rôle est majeur dans la capacité de notre organisme à se défendre contre les agressions extérieures. Bien avant l’apparition de la Covid-19, de nombreux exemples soulignaient déjà le rôle du microbiote intestinal (l’ensemble des micro-organismes qui peuplent notre intestin) dans la susceptibilité à une infection pulmonaire, notamment lors de l’infection par le virus de la grippe.

Chez un nombre significatif de patients atteints par la Covid-19, des manifestations digestives (diahrée, nausées, vomissements, etc.) sont constatées. De plus, un certain nombre de facteurs de risque de développer une forme sévère et de mortalité ont rapidement été mis en lumière, comme l’obésité, l’hypertension artérielle, le diabète. Or, la recherche sur ces maladies a déjà démontré qu’elles sont associées à des perturbations du microbiote intestinal.

Quels sont les résultats attendus ?

L’étude COVI-Biome vise à identifier des altérations de la composition et des fonctions du microbiote intestinal chez des patients atteints par la Covid-19 et à rechercher des facteurs prédictifs de sévérité (durée d’hospitalisation, passage en réanimation, ventilation mécanique, décès) parmi les paramètres gastro-intestinaux et du microbiote.

Les résultats permettront de déterminer si le microbiote intestinal est un acteur potentiel de la sévérité de l’infection à SARS-CoV-2. Cela pourrait ouvrir une voie vers des interventions préventives ou curatives, basées sur la modulation du microbiote intestinal, pour diminuer la sévérité de l’infection ou traiter précocement des patients à fort risque de sévérité.

Comment y parvenir ?

L’étude COVI-Biome est née sous l’impulsion du Pr Harry Sokol, gastro-entérologue à l’hôpital Saint-Antoine AP-HP et éminent spécialiste du rôle du microbiote intestinal dans les maladies infectieuses.

Les équipes de Saint-Antoine disposent d’un savoir-faire pour lequel elles sont internationalement reconnues, tout comme des équipements de pointe nécessaires à la manipulation et à l’analyse des prélèvements de microbiote intestinal.

Grâce à la générosité des donateurs de la Fondation de l’AP-HP, ces experts pourront être mobilisés pour inclure 300 patients et recueillir en moyenne deux échantillons de microbiote intestinal par patient sur une durée de 12 mois.